Rui Mota urodził się 23 mara 1979 roku w Lizbonie. Początkowo pełnił rolę skauta w Sportingu, lecz z czasem powierzono mu obowiązki szkoleniowe w klubowej akademii. To tam poznał Ricardo Sa Pinto, z którym z czasem rozpoczął regularną współpracę.

Mota pracował razem z Sa Pinto m.in. w Arabii Saudyjskiej oraz w Grecji. Nie inaczej było w Liege, gdzie dochodziło do sytuacji, w których to on musiał prowadzić zespół po wyrzuceniu na trybuny żywiołowego szkoleniowca. 

Portugalczyk trafił na Łazienkowską jako jeden z trzech współpracowników Sa Pinto.